故事发生在距现在不远的未来，世界各地不断有“异生兽”作乱的报告为了暗中解决这个问题，人类成立了世界性的防卫组织TLT。他的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（NightRaider）。他们的任务就是秘密的消灭异生兽。新的异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克瑟斯奥特曼登场了，奈克瑟斯奥特曼的适能者姫矢准也出现了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。而且，TLT的特殊飞行器合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战。